Das Haus wurde auf der Säule einer Steinbrücke gebaut, die zum Prachtstück der europäischen gotischen Architektur zählt und die unter dem böhmischen König und römischen Kaiser, Karl IV., auf der Stelle der vom Hochwasser weggeschwemmten Judith-Brücke erbaut wurde. Seit dieser Zeit wird auch die Geschichte des Hauses "Zu drei Straussen" geschrieben.

In den Hussitenkrigen wurde das Haus niedergebrannt und später auf seiner Stelle ein neues erbaut. Sein Besitzer, der Straussfederhändler namens Jan Fuchs der Federschmücker, verzierte das Haus auf der Stirnseite mit einer Abbildung von drei Straussen. Die Legende sagt jedoch, dass unter Kaiser Karl IV. hier fremde Bote beherbergt werden sollten, die dem Kaiser als Geschenk drei Strausse mitgebracht hätten. Diese drei Strausse sollen auch jahrhundertelang das Symbol dieses Hauses gewesen sein. Im Haus "Zu drei Straussen" wurde auch der erste Kaffee verkauft, den der Grieche Deodastus Damascenus nach Prag gebracht hatte. So wurde die einmalige Stimmung der Kleinseite noch durch den Kaffeeduft bereichert.

Während der Jahrhunderte wechselten die Hausbesitzer. Das Haus "Zu drei Straussen" änderte dabei aber nie seine Bestimmung. Es war und bleibt ein gastfreundlicher Verbleib für jederman, der die Hausschwelle übertritt. Im ausbrechenden 20. Jahrhundert war Josephine Müller Besitzer des Hauses. Sie vermietete zuerst das Haus, in 1921 verkaufte sie es aber an Josef Dundra, der in 1938 das Haus einer Restaurierung unterzogen hatte. Dabei wurden wertvolle Fresken und bemalte Holzdecken aus der Zeit der Renaissance freigelegt. Nach der Renovierung wurde das Haus mit zeitgenössischer Möbel eingerichtet, es wurde ein Kachelofen gebaut und an die Wände wurden Lunetten mit Motiven der Karlsbrücke gebracht.

Die Restaurierungsarbeiten wurden von den Architekten J. Zázvorka und M. Kkvor durchgeführt, unter Aufsicht der Prager Denkmalpflege. Das Restaurant wurde 1949 verstaatlicht und die Hausbesitzer - immernoch die Familie Dundr - wurden gezwungen, 1961 das Haus dem Staat zu übergeben. Nach 31 Jahren konnte dieses einmalige Bauwerk in die Hände dieser Familie zurückgegeben werden. Heute dient es allen Besuchern Prags.